In 2007 opperde computertechnicus en muzikant Giovanni Maria Pala het idee dat er een **melodie verborgen in het schilderij. Hij suggereerde dat de horizontale lijnen van het tafelkleed die elkaar snijden met het brood en de handen van de discipelen **overeenkomen met muzieknoten. Achterstevoren gespeeld krijg je een melancholisch requiem, bedoeld om op een pijporgel te spelen, wat het sombere moment weerspiegelt. Hoewel de theorie het potentieel van de kunstenaar voor complexe symboliek en verborgen boodschappen in zijn werk benadrukt, blijft het een debat of da Vinci deze elementen bewust als muzieknoten plaatste of dat het gewoon toevallige interpretaties zijn.